El 17 de junio del año 827, un grupo de hombres de origen diverso (árabes, bereberes, andalusíes, egipcios, sirios, persas) pero mancomunados por la religión musulmana, bajo el mando del jurista setentón Asad ibn al-Furat, desembarca en Mazara del Vallo, iniciando una guerra de conquista de Sicilia que durará más de setenta años.

Agrigento fue tomada por primera vez en el año 829; saqueada y quizás completamente destruida, fue definitivamente ocupada en el 840 y repoblada principalmente con bereberes de la tribu de Howwara y Wedzagia, que la convirtieron en su capital, permaneciendo allí hasta su expulsión de la isla en el año 1015. Tras el cruento periodo de la conquista, la ciudad reasume la fisonomía de centro agrícola y comercial floreciente. Los musulmanes introducen la caña de azúcar “canna meli”, el algodón, algunas variedades de cítricos, los dátiles, los melones, el zumaque idóneo para el curtido de las pieles y la morera para la producción de la seda. La cercanía a la costa africana favorece el comercio, cuyo desarrollo pronto hizo inadecuado el viejo puerto a la desembocadura del río Akragas y necesario el traslado del muelle a un lugar más apropiado donde hoy está Puerto Empédocles.

La población vencida, cristiana y judía, no pierde la potestad de vivir según sus propias leyes y creencias o el derecho a la propiedad, pero debe pagar la gizya, tributo anual de protección, y el harag, tributo sobre los bienes destinado a los pobres basado en la fertilidad de los campos y en los diversos cultivos, que podía ser rebajado en caso de desastres naturales. La islamización es casi total por lo que pocos son los cristianos que quedan cuando llegan los normandos.

La griega Akragas y la romana Agrigentum se convierte ahora en la Kerkent arabo-musulmana, que se concentra en el interior de las murallas sobre la que hoy llamamos Colina de Girgenti; al norte de la ciudad se abre la Puerta de los vientos o Bab ar-riyah (Bibirria); al oeste, la Puerta de Ma’ssara (Mazara) o de las Prensas, por su cercanía a los establecimientos de producción de azúcar; fuera del cinturón amurallado se desarrolla el rabato, es decir, el barrio fuera de la ciudad. Bajo la Puerta Mazara, la Puerta del Baño que conduce a los baños públicos.”.

Como en el resto de la Sicilia islámica, florecen los estudios literarios, científicos y jurídicos. Destaca la figura de Mohammed ibn al-Hasan ibn Ali, llamado Abu Bekr er-Robe’i al-Kirkenti, jurisconsulto malikí que dio lecciones de derecho en Sicilia y Alejandría.

La civilización arabo-musulmana prospera en Sicilia hasta el s. XI, cuando empiezan a constituirse principados árabes rebeldes, cuyas luchas intestinas, en el año 1061, ofrecen a los normandos la oportunidad de intervenir militarmente en la isla. Kerkent, que había sido capital de un emirato que controlaba un tercio del territorio siciliano, fue tomada en el año 1086, tras un largo asedio.